João được sinh tại Lisbon, Bồ Đào Nha vào ngày 7 tháng 6, 1502 với tư cách là con trai cả của vua Manuel I và người vợ hai của mình là Maria xứ Aragon. Vị hoàng tử trẻ chính thức lên ngôi vào năm 1503, cùng với khoảng thời gian sinh ra người em gái Isabella của Bồ Đào Nha.

John III được thừa hưởng một nền giáo dục rất tốt khi còn trẻ. Phong trào Phục hưng Bồ Đào Nha đã đóng góp rất nhiều tri thức nổi tiếng và John đã sớm được tiếp cận với nền tri thức tiên tiến,một trong số đó là Luís Teixeira Lobo, từng là Hiệu trưởng trường Đại học Siena (một trong những trường Đại học Luật, Dược và Luân lý học lâu đời nhất Italia) và cũng là Giáo sư khoa luật tại Ferrara (1502). Ngay từ nhỏ, John đã chứng tỏ thực lưc của mình để kế thừa vua cha trên con đường chính trị, và điều này phần nào bù đắp cho những khiếm khuyết của ông về mặt nghệ thuật (Elogio d'el rei D. João de Portugal, terceiro, do nome).

Người phụ nữ đầu tiên được chọn để trở thành vợ của vị vua là nữ hoàng Eleanor của Áo. Tuy vậy, bà lại trở thành vợ của chính vua cha của ông, Manuel I. Điều này gây ra một cú sốc tâm lý cực lớn đối với John. Ông trở nên u sầu hơn và theo một số nhà sử học, điều này khiến John sau này thể hiện lòng nhiệt thành hơn nữa với Công giáo (Sau này một trong những biệt hiệu của ông chính là Kẻ ngoan đạo (Tiếng Bồ Đào Nha: o Piedoso)).

Thời kỳ cai trị ban đầu

Vào ngày 19 tháng 11, 1521, John chính thức làm lễ đăng quang tại nhà thờ São Damigos tại Lisbon, Bồ Đào Nha, bắt đầu thời kỳ cai trị của ông tại một trong những đế quốc lớn nhất thế giới thời bấy giờ. John nhìn chung vẫn giữ nguyên chế độ cai trị chuyên chế mà vua cha để lại. Ông cố gắng thực hiện các cải cách hành chính và tư pháp trong thời gian đầu cại trị.

Các cuộc hôn nhân với Catherine của Áo và của người chị Isabella của Bồ Đào Nha với Karl V của đế quốc La Mã Thần thánh đã làm khít chặt các liên minh giữa Bồ Đào Nha với các nước lớn ở phần lục địa Tây Âu. Tuy vậy, hôn nhân của John không thực sự hạnh phúc vì trong số 10 người con được sinh ra, chỉ có con trai Sebastian I có thể thực sự kế thừa ngôi vương do hầu hết các con của ông đều chết yểu.